【第一部・第二部:忍び寄るショッカーの復讐】 警視庁特殊捜査課の刑事・神崎零（26歳）。彼女の正体は、悪の組織ショッカーを裏切り、人々の平和を守るために戦う「ミニスカ仮面ライダー0号」であった。 かつての補佐役・女幹部レイナやドクター・ヘルガの卑劣な罠により、身動きを封じられ、秘密基地の地下牢へと拘束される0号。過酷な拷問と屈辱的な凌●に耐えながらも、彼女は仮面ライダーとしての誇りを胸に、相棒の1号（氷室瞳）とともに決死の脱出を図る。しかし、サイボーグとして蘇ったレイナの復讐は、さらに激しさを増していき――。 【第三部・第四部:宿命の過去と『0号ダーク』】 苛烈を極める戦いの中、零のもとに届いた不気味な招待状。それは、彼女が封印したはずの残酷な過去「0号計画」の始まりを告げるものだった。 目の前に現れたのは、零の全戦闘データを完璧に複製した最強の宿敵『ミニスカ仮面ライダー0号ダーク』！ 己の影とも言える圧倒的な強さの前に倒れ、再び囚われの身となってしまった零。絶体絶命の危機に、全国から集結する仲間たち（5号・9号・10号）！ 今、5人のミニスカライダーによる、過去との決着をかけた壮絶な総力戦が幕を開ける！