都内で相次ぐ連続失踪事件。現場に残された「0」のカードと黒いマントの影――。 事件を追う警視庁特捜課の刑事・雨宮玲奈（25）は、人知れず「ミニスカ仮面ライダー18号」へと変身し、夜の街で悪と戦っていた。 ショッカー残党の秘密アジトへと潜入した玲奈だったが、圧倒的な数の前に倒れ、ショッカーの手に落ちてしまう。 電磁拘束椅子に縛り付けられ、装甲の隙間から肉体を蹂躙されるという惨絶な屈辱と激痛に耐えながらも、彼女の正義の炎は消えていなかった。 相棒・仮面ライダー1号（氷室瞳）の駆けつけにより決死の脱出を果たした18号の前に現れたのは、謎の仮面ライダー0号（神崎零）。 彼女もまた、組織に人生を狂わされた悲しき最初の試作兵器だった。 動き出す後継機「仮面ライダー・オメガ」、そして全てを裏で操る狂気の天城博士。 傷つきながらも立ち上がる美しき戦士たちは、運命の交差点で今、一つになる――！